מקרה חרום הכולל פיקוח נפש דוחה את כל חוקי שמירת השבת. למעשה זוהי מצווה לחלל את השבת כדי להציל חיים, ולמעשה, אין זה נחשב לחילול השבת. יתירה מכך, אפילו אם מדובר בצל של ספק שהדבר כרוך בסכנת חיים יש לחלל עליו את השבת.

לדוגמא, אם אדם נופל למשכב וישנו סיכוי ולו הקלוש ביותר שהוא בסכנת חיים, אנו נצלצל לרופא, ניסע לבית החולים וכן הלאה. דוגמא נוספת היא המקרה של מלחמה או של איום בהתקפה כלשהי. במקרים כאלה נוקטים בכל אמצעי ההגנה ההכרחיים. כדברי התלמוד: "חלל עליו שבת אחת, כדי שישמור שבתות הרבה".