הטבילה במקווה היוותה שער להיטהרות מאז בריאת העולם. המדרש מספר שאחרי שגורשו מגן העדן, אדם טבל מייד בנהר שזרם מן הגן. היה זה חלק בלתי נפרד מתהליך החזרה בתשובה שלו, מן הניסיון שלו לשוב לשלמותו המקורית.

לפני הגילוי בסיני, כל היהודים קבלו פקודה לטבול כהכנה למפגש פנים אל פנים עם אלוקים.

בזמן מסע היהודים במדבר, "באר מרים" המפורסמת שמשה כ"מקווה", והקדשתם של אהרן ובניו לכהונה צוינה על ידי טבילה במקווה.

בימי בית המקדש, הכוהנים וכן כל יהודי שרצה להיכנס לבית האלוקים היו צריכים קודם כל לטבול במקווה.

ביום כיפור, היום הקדוש ביותר ליהודים, הכהן הגדול קיבל רשות להיכנס לקודש הקודשים, לחדר הפנימי ביותר שבבית המקדש, שאליו אף אדם בן תמותה אחר לא יכל להיכנס. כניסתו לשם היוותה שיאו של היום שכלל סדרת תפילות שלאחר כל אחת מהן התרחשה טבילה במקווה.

השימושים העיקריים של המקווה כיום רשומים בחוקי היהדות ומקורם בשחר ההיסטוריה היהודית. הם מכסים יסודות רבים בחיים היהודיים. המקווה הוא חלק בלתי נפרד מתהליך הגיור. המקווה משמשת, אם כי באופן פחות ידוע, לטבילת סירים וכלים חדשים לפני השימוש בהם. רעיון המקווה הוא גם במוקד תהליך הטהרה שעובר אדם יהודי לפני שהוא מובא למנוחות ונשמתו עולה השמימה. לשם כך יוצקים מים על כל גוף הנפטר בדרך מסוימת מאוד, המשמשת לטיהור.

ישנם גם מקרים בהם גברים משתמשים במקווה. חוץ מאשר למטרת גיור, כל שאר הדרכים הן רגילות ורווחות. הנפוצה שבהן היא הטבילה של החתן ביום הנישואין וטבילת כל גבר לפני יום כיפור. חסידים רבים משתמשים במקווה לפני כל שבת ויום חג, ויש בהם שאף משתמשים במקווה כל יום לפני תפילת השחר (בערים שבהם אוכלוסיה גדולה של יהודים שומרי מצוות ישנם מקוואות מיוחדים לגברים שמשמשות למנהגים הללו). אך השימוש החשוב והנפוץ ביותר לשימוש במקווה הוא לשם טיהורה של האישה אחרי המחזור החודשי.

עבור האישה שיש לה מחזור חודשי (וסת), הטבילה במקווה מהווה חלק ממסגרת גדולה יותר הידועה בשם "טהרת המשפחה". כמו בכל תחום אחר של המנהגים היהודיים, טהרת המשפחה כרוכה בסדרת חוקים מפורטים אחרים, כלומר "מתי", מה" ו"איך" לקיים את המצווה. אחת הדרכים הטובות והאמינות ביותר להכיר את המנהגים ולחוש עמם בנוח היא ללמוד עם אישה בעלת ניסיון בתחום הזה. בערים או בקהילות שבהן יש אוכלוסיה יהודית גדולה, יתכן שיש כיתות (שיעורים) שאפשר להצטרף אליהם, אך רוב הנשים מגיעות לידע הזה דרך מפגשים אישיים יותר של אחת-על-אחת. למרות היותם של ספרים תחליף עלוב למורה עתיר ידע, הרי ספרים נבחרים עשויים אף הם לשמש כמדריכים לטקס זה או לצורך בדיקה מהירה של המנהגים והחוקים בתחום. להלן סקירה קצרה בלבד של החוקים הללו. סקירה זו לא נועדה ואף אינה מתיימרת להיות תחליף ללימוד נאות של הנושא.

טהרת המשפחה היא מערכת המבוססת על המחזור החודשי של האישה. החל מהופעת הווסת ובמשך שבעה ימים אחרי סיומה, עד שהאישה טובלת במקווה, אסור לבעל ולאשתו לקיים יחסי מין. כדי למנוע את הפרת החוק הזה, על בני הזוג להימנע מלעסוק בפעילויות שגורמות להתעוררות החשק המיני, כך שעליהם להשתדל להימנע ממגע גופני ומגילויי חיבה גופניים. המונח הטכני לאישה הנמצאת במצב הזה היא "נידה" (שמשמעותה המילולית היא "להיות נפרדת").

בדיוק שבוע מן היום שבו האישה הבחינה בהפסקת זרימת הווסת, היא הולכת למקווה. הטבילה מתרחשת אחרי רדת החשכה של היום השביעי, ולפניה האישה רוחצת ומתנקה כנדרש. הטבילה תקפה אך ורק אם מימי המקווה עוטפים כל חלק בגוף האישה ואף כל שערה בגופה. לכן על האישה להתקלח, לחפוף שיער, לסרק את שערה ולהסיר מגופה כל דבר שעשוי למנוע טבילה מלאה של כל חלק וחלק בגופה במים.

הטבילה במקווה היא שיאה של דיסציפלינת טהרת המשפחה. עבור האישה שדאגה לקיום כל פרטי המצווה הזאת וחיכתה ללילה הזה, זהו רגע מיוחד. אולם לפעמים האישה עשויה לחוש חרדה מסיבות שאינן קשורות לטקס הזה. בנקודה זו עליה להירגע, לקחת כמה דקות להרהר בחשיבות הטבילה, ואז לטבול במי המקווה בנחת, ללא חיפזון. אחרי שהיא טובלת פעם אחת, האישה אומרת את ברכת הטהרה ואז – לפי המנהג – טובלת עוד פעמיים. נשים רבות משתמשות בזמן מיוחד זה לאמירת תפילה אישית וליצירת קשר פנימי עם אלוקים. אחרי הטבילה מותר לאישה ולבעלה לקיים שוב יחסי אישות.