בהלכות בית הבחירה מתוארים מבנהו העיקרי של המקדש ושל הכלים שיש בו, וכן מבוארים מצוות וכללים הקשורים להתייחסות המכובדת למקדש וההתנהגות הראויה בו.

בהלכות בניין המקדש עצמו, יש תחילה סקירה של המקומות והמבנים השונים ששימשו כמקדש לישראל במשך הדורות, החל מן המשכן שהוקם במדבר, דרך גלגוליו במקומות שונים בארץ, ועד לקביעת מקום המקדש בירושלים. לאחר מכן מציין הרמב"ם את חלקי המבנה שהם עיקר בכל מקדש ממקדשי ישראל, ואת הכלים המרכזיים שבו, ומפרט את ההלכות הנוגעות לאופן בניית המקדש.

בהמשך הלכות בית הבחירה מובא תיאור מפורט של הבניין בבית שני, כפי שהוא מופיע במשנה במסכת מידות. שכן, אף על פי שהמקדש שלעתיד לא יהיה בהכרח בדיוק באותה התבנית – אלא כפי מה שיתברר בדור שבו ייבנה (על פי הכתובים בספר יחזקאל) – מכל מקום יש במבנה זה על כל פרטיו רקע ותכנית כללית למקדש שלעתיד לבוא.

כמו כן נתבארו צורתם והלכותיהם של כלי המקדש העיקריים: המנורה, השולחן והכיור. מקום מיוחד ניתן למזבח, למצוות השייכות לבניינו ולאופן שבו נבנה בפועל, וכן לכך שמקום המזבח הוא מכוון ביותר, ואסור לבנות את המזבח בהיסט מאותו המקום. הרמב"ם מאריך לתאר את המאורעות החשובים שאירעו במקום שבו נקבע המזבח – הן לאבות ישראל והן לאבות האנושות – ונראה שהדבר הוא בשל היות המזבח עיקרו של המקדש, וכפי שהוא מגדיר בתחילת ההלכות: "מצוות עשה לעשות בית לה' מוכן להיות מקריבין בו הקרבנות...".

בפרקים האחרונים של ההלכות, נוספו המצוות השייכות לקדושת המקדש: ראשית מפורטות הדרגות השונות של הקדושה שיש בתחומים השונים של המקדש, זו לפנים מזו. אחר כך נידונות ההתנהגויות הראויות ושאינן ראויות, בתוך המקדש ובסביבתו, בבניינו ואף בזמן חורבנו, שעניינן היראה מן המקדש. ולבסוף מבוארת מצוות עשה להעמיד על המקדש משמר של כבוד מסביב.