ב-14 ביוני 1940, כבשו צבאות גרמניה הנאצית את פריס. גנרל צרפתי הציע לרבי להסתתר בביתו בכפר ליד פריס, אך הרבי שהבין את משמעותו האמיתית של הכיבוש הנאצי, סירב להצעה ונמלט מפריס באחת הרכבות האחרונות שעזבו את העיר. לאחר מסע מסוכן בין קווי החזיתות בצרפת הכבושה, הגיעו הרבי והרבנית אל העיר וישי במרכז צרפת ושהו בה מספר חודשים. כעבור זמן-מה עברו לעיר ניס שבדרום צרפת ושהו בה עד שזכו לקבל אשרת כניסה לארה"ב. כיוון שנמלי צרפת נחסמו לתנועת אוניות לארה"ב, יצאו הרבי וזוגתו לפורטוגל, הבריחו את הגבול לספרד, הגיעו לברצלונה ועלו שם על הספינה 'סורפא פינטא' שהובילה אותם בבטחה יחסית לארצות-הברית. וכך, בכ"ח בסיוון תש"א (23 ביוני 1941), בשעה 10:30 בבוקר הגיעו הרבי וזוגתו לארה"ב והרבי פתח מיד בפעולות רבות להפצת היהדות.

מבצע ההצלה הזה של הרבי וזוגתו, התנהל על-ידי חמיו של הרבי, רבי יוסף-יצחק, ששרד את מוראות ההפצצות והכיבוש הנאצי בוורשה ואוטווצק, והגיע לניו-יורק באדר שני שנת ת"ש (מרץ 1940). מכאן - ממקום המבטחים בניו-יורק - הפעיל כאמור רבי יוסף-יצחק את כל קשריו במטרה לחלץ מאירופה הכבושה את מי שיהיה למנהיגה הבא של יהדות העולם.

מאוחר יותר סיפרה הרבנית, כי גם במהלך ימי מנוסתם רבי התלאות מפני הכוחות הגרמניים המתקדמים בצרפת וגם במהלך מסעם החשאי והמסוכן בפורטוגל ובספרד, הרבי שמר בקפידה על שגרת חייו - המשיך לפעול רבות בתחומי העזרה לקהילות ישראל; הירבה לעודד ולחזק את היהודים שנשארו באירופה והמשיך לשמור בהקפדה מירבית על קיום המצוות בהידור. "בדרכו האופיינית", הוסיפה, "הרבי מצא דרך להתמקד בפן החיובי בכל מצב - גם בנסיבות חייו המאיימות של פליט המנותק מביתו ונמלט על חייו."