בשנת תרפ"ג, פגש הרבי בן ה-21 את רבי יוסף-יצחק שניאורסאהן, שהיה אז מנהיגה של תנועת חב"ד-ליובאוויטש ברחבי העולם.

שש שנים קודם-לכן, השתלטה המפלגה הקומוניסטית על האימפריה הרוסית וה'ייבסקציה' (המחלקה היהודית בבולשת הקומוניסטית) הכריזה מלחמה אכזרית נגד היהדות ושומרי המצוות. בתי-ספר, בתי-כנסת ומוסדות דתיים נסגרו. מנהיגים דתיים הוגלו ונאסרו ורבים אחרים נורו למוות במרתפי המשטרה החשאית, לאחר הליך משפטי קצר, או אף בלעדיו.

רבי יוסף-יצחק נאבק על-מנת לשמור על גחלת היהדות ברוסיה הסובייטית. הוא שלח שלוחים לאורכה ולרוחבה של המדינה, במטרה לייסד במחתרת בתי-ספר ומקוואות; לספק סיוע פיננסי ובעיקר סידורים, ספרי קודש ומזון כשר ליהודים ששמרו בחשאי על יהדותם. הרבי הצטרף אליו בעבודה החשאית והמסוכנת ובשנת תרפ"ו (1926), השתדך עם הרבנית חיה-מושקא, בתו השנייה של רבי יוסף-יצחק.

בקיץ של שנת תרפ"ז (1927) ערכו סוכני ה'ייבסקציה' ביקור לילי פתאומי בביתו של רבי יוסף-יצחק במטרה לאסרו על פעילותו, שהוגדרה 'אנטי מהפכנית'. בתו, הרבנית חיה-מושקא, הודיעה על כך לרבי דרך החלון, כדי שיוכל להשמיד את ה'ראיות' כמו-גם להזהיר מועמדים נוספים מפני מאסר. הרבי פתח מיד במאמצים להצלת חמיו רבי יוסף-יצחק, שכללו פנייה לגורמים בין-לאומיים, ובסופו-של-דבר הביא לשחרורו.

כאשר עזב רבי יוסף-יצחק הורשה לעזוב את רוסיה, היה הרבי היה אחד מקבוצה מצומצמת של קרובי-משפחה שהורשו לעזוב את המדינה יחד עמו.

רבי יוסף-יצחק אמנם נסע ועזב את רוסיה אך הותיר אחריו את רשת פעילי חב"ד המחתרתית שיסד והמשיך להפעיל מעברו השני של מסך-הברזל. הוא התמיד בכך עד פטירתו בשנת תש"י (1950) וכל אותן שנים, חתנו הרבי הגדיל את מעורבותו בנושאים שהעסיקו את חמיו. לאחר פטירתו, נטל הרבי על עצמו את הנהגת חב"ד (שבט תש"י).

במשך השנים הבאות, השלטונות הגבירו את הרדיפות נגד הדת ושומרי המצוות, אך הרבי שמר כל השנים האלה על קשר הדוק עם היהודים ברוסיה הסובייטית, עודדם וחיזקם. הרבי השתמש לצורך זה בערוצים חשאיים רבים, ביניהם שלוחים ששיגר לרוסיה במסווה של תיירים ואנשי עסקים. עם נפילת הקומוניזם לפני למעלה מעשר שנים, נהפכה הפעילות לגלויה ורשמית ואספקת הצרכים הרוחניים והחומריים של יהודי רוסיה, החלה להתבצע לאור היום.

כיום, מאות משלוחי הרבי פזורים בכל עריה וקהילותיה של ברית-המועצות לשעבר ומסייעים ליהודים לחזור למסורת אבותיהם.

מעורבותו של הרבי בגורלם של יהודי רוסיה, הייתה עמוקה ואישית. פעמים רבות היה הרבי בוכה כשדיבר בפורומים ציבוריים (הקרויים בשפה החב"דית 'התוועדויות') על סבלם של יהודי רוסיה ועל מסירות-נפשם למען אמונתם. בהזדמנויות שונות, התבטא הרבי באומרו, "פעולותינו עבורם, הינן חלק קטן מאוד בהשוואה לחוזק הרוחני שהם מעניקים לנו בפעולותיהם הנועזות למען התורה והיהדות".