חכמינו זכרונם לברכה מדגישים לא אחת את חשיבותה של תפילת מנחה ביום כיפור. זוהי גם תפילה הנשמעת ומתקבלת יותר מכל מנחה אחרת, כי בהתאם למסורת היה זה ביום כיפור אחר הצהרים כאשר יצחק אבינו נעקד על גבי המזבח כשהוא נכון להקריב עצמו כקורבן לבורא העולם. זכר עקידת יצחק עולה לפני הבורא, יתברך, והוא סולח לנו – בני אברהם יצחק ויעקב.

היה זה, אגב, יצחק אבינו, שתיקן תפילת מנחה ("ויצא יצחק לשוח בשדה") בעוד שאברהם תיקן תפילת שחרית ויעקב תיקן תפילת ערבית. על חשיבותה היוצאת מן הכלל של תפילת מנחה תעיד גם העובדה שתפילתו של אליהו הנביא נענתה "בעלות המנחה", כאשר נאבק נגד ההשפעה ההרסנית של כהני הבעל וחולל את הפלא על הר הכרמל, לעיני כל ישראל.

מקובל לחשוב כי תפילת מנחה חביבה יותר ומתקבלת יותר, משום שהיא דורשת מאמץ ומסירות גדולים יותר משאר התפילות. כי הנה, את תפילת שחרית אנו מתפללים בבוקר, עוד לפני שהתחלנו את עבודתנו היומית ואילו ערבית אנו מתפללים בערב, אחרי שכבר גמרנו את עבודתנו. לא כן תפילת המנחה, הנאמרת אחרי הצהרים. היא דורשת מהאדם מאמץ להפסיק את עבודתו, להינתק מהעבודה או העסק ולהתפלל תוך ריכוז וכוונה. מסיבות אלו קורה שאנו מתפללים מנחה בהיסח הדעת, ללא כוונה ובלי להתרכז בתפילה וקורה גם שמישהו שוכח לגמרי להתפלל מנחה (ובמקרה כזה עליו להתפלל פעמיים את תפילת "שמונה עשרה" בתפילת ערבית).

אם שכחנו במשך השנה להתפלל מנחה, הרי הזמן האידיאלי לזכות במחילה על כך הוא זמן המנחה ביום כיפור.

קריאת התורה במנחה של יום כיפור (ויקרא י"ח) עוסקת בחיי הטוהר היהודיים ובמיוחד חיי המשפחה היהודיים הטהורים מכל רבב. התורה מזהירה אותנו שלא ללכת בדרכי האומות הקדומות שמעשיהם מקולקלים ולא לעשות "כמעשה ארץ מצרים" ו"כמעשה ארץ כנען", האומות המושחתות ביותר בזמן ההוא.

המפטיר קורא את ספר יונה המכיל בקרבו מוסר השכל עמוק על הנחיצות של התשובה ועל התועלת הרוחנית הגדולה שבעבודה שבלב – זו תפילה. איש אינו יכול להימלט מגורלו ואי-אפשר לברוח מפני ה'. ספר יונה ומוסר-ההשכל שלו מזכירים לנו את דברי נעים זמירות ישראל בתהלים שאמר : "אנה אלך מרוחך, ואנה מפניך אברח? אם אסק שמים שם אתה, ואציעה שאול הנך; אשא כנפי שחר, אשכנה באחרית ים, גם שם ידך תנחני ותאחזני ימינך" (פרק קל"ט).

אולם, למרות שאי-אפשר להימלט מפני השם, אין זו סיבה ליאוש. תשובה ותפילה מעבירים את רוע הגזירה, ומובילות מאפילה לאור גדול, מאפילת המוות אל חיים חדשים. לא רק הנביא יונה זכה למחילה אלא גם תושביה של נינוה, העיר הגדולה, זכו לחיים חדשים, כאשר שבו אל ה' בתשובה שלימה.