הרבי הורה שהמטה שירכז את המבצע יוקם בכפר חב"ד – כפר של חסידי חב"ד במרכז הארץ – וביקש מ"ועד רבני חב"ד" בארץ-ישראל לפקח על המבצע. הרבנים קיימו לאלתר אסיפה בירושלים, כדי לטפל במשימה המיוחדת שהוטלה עליהם.

במהלך האסיפה הוחלט כי מלאכת הכתיבה תוטל על סופר-הסת"ם הנודע הרב שלמה אהרן הניג. הקלף נרכש מיד, והכתיבה החלה בו-ביום – י"א ניסן תשמ"א. מאוחר יותר, מונה סופר מומחה נוסף, הרב שמשון כהנא, לעסוק במלאכה לצד הרב הניג.

הרב שמואל גרייזמן, שליח חב"ד-ליובאוויטש בארץ-ישראל, התבקש ליטול על כתפיו את ריכוז המבצע המיוחד, ומאז מנהל הרב גרייזמאן את מבצע "אות בספר התורה" עד היום הזה.